1000 n.Chr.: Zur Jahrtausendfeier findet ein großer Jahrmarkt statt. Dort möchte der junge Crono seine Freundin Lucca treffen. Doch vorher stößt er unglücklich mit Marle, der Prinzessin des Reiches zusammen, dabei fallen beide zu Boden. Daraufhin beschließen sie, gemeinsam über den Jahrmarkt zu gehen. Kurz darauf treffen sie auf Lucca und ihren Vater. Lucca hat zur Feier zwei Teleporter gebaut, zwischen denen man sich hin und herteleportieren kann. Marle möchte ihn ausprobieren, doch ihr Amulett reagiert ungewöhnlich auf den Teleporter und sie verschwindet von der Bildfläche. Crono folgt ihr sofort durch das entstandene Wurmloch, um sie wiederzufinden. Allerdings muss er bald feststellen, dass er 400 Jahre in der Vergangenheit gelandet ist, und Marle dort für die Königin gehalten wird. Nachdem Crono sie gefunden hat, taucht auch Lucca auf, und die drei versuchen, wieder in ihre Zeit zu kommen, was jedoch gar nicht so einfach ist...

Die Kämpfe sind recht gut gelungen und grafisch eine Abwechslung zu den üblichen Kampfsystemen, da nicht in einen neuen Kampfbildschirm umgeblendet wird, sondern die Kämpfe auf dem normalen Terrain stattfinden. In Sachen Rätseln hält sich das Spiel zurück, ab und zu gibt es aber ein paar zu erledigen, meistens aber um Secrets zu ergattern. Ein paar Minispiele lockern das Game zusätzlich auf.

Die Grafik ist eine der besten auf dem SNES. Die Charaktere sind mit vielen Animationen detailliert und liebevoll in Szene gesetzt, die Monster in den Kämpfen und die Landschaften im Spiel wissen ebenfalls zu begeistern. Die Magieeffekte sind zudem auch äußerst gelungen.

Der Soundtrack gehört ebenfalls zu dem Besten, was es an Musik in Spielen gibt. Square Sound-Guru Yasunori Mitsuda hat halt mal wieder perfekte Arbeit geleistet, von gemütlichen, friedvollen bis zu hektischen, gefahrvollen Melodien ist alle vertreten. Die Soundeffekte sind ebenfalls hörenswert.